В Научной библиотеке ПМФИ работают 3 отдела, обслуживающих читателей: учебный, научный и читальный зал. В учебном отделе, расположенном в общежитие №-2 находится учебная литература. Основная учебная и научная литература по профилю каждой специальности размещена в научном отделе на первом этаже и читальном зале на втором этаже главного корпуса института. В читальном зале фундаментальной библиотеки находится наиболее полное собрание книг и журналов с основания фармацевтической академии и по настоящее время.
Право записи в Научную библиотеку ПМФИ имеют обучающиеся, преподаватели и работающие в ПМФИ на постоянной основе. Запись в библиотеку проводится в отделах обслуживания.